絞り込み機能により非表示になっている可能性があります。
アプリ内下部メニュー「ユニット」→「フォルダ」→画面右上の「表示順変更」ボタンをタップし、絞り込みタブ内の絞り込み条件が設定されていないかをご確認ください。
リセットを押すと初期状態に戻ります。

また、ご自身の操作で強化・売却・覚醒してしまった可能性があります。
間違って強化・売却をしないように、大事なユニットはお気に入り登録をしておくことをおすすめします。

■お気に入り登録方法
フォルダからお気に入り登録したいユニットを選択し、ユニット詳細画面右上の「お気に登録」ボタンを押してください。

※文字がオレンジ色になっていれば、お気に入り登録されています